El SIPINNA trabaja a través de Comisiones que se encargan de reunir a las autoridades de cada institución para que actúen de forma coordinada conforme a sus atribuciones y den prioridad a los derechos de niñas, niños y adolescentes en sus acciones, consolidar una agenda integral y coordinada.
El SIPINNA acordó la creación de comisiones temáticas encargadas de atender asuntos o materias específicas siguientes:
Su objetivo primordial será articular las principales prácticas, iniciativas y procesos en materia de prevención y respuesta a la violencia contra esta población, así como medidas de reparación, y atender las obligaciones y compromisos asumidos por el Estado de San Luis Potosí y por el Estado Mexicano a nivel nacional e internacional; con la finalidad de que las instituciones que la integran, en el ámbito de sus respectivas competencias, coordinen, articulen, promuevan y apliquen medidas para prevenir, atender, sancionar y erradicar todas las formas de violencia que afectan a Niñas.
Su objetivo primordial será que las instituciones que integran, en el ámbito de sus respectivas competencias, coordinen, articulen, promuevan, apliquen y den seguimiento a las recomendaciones emitidas por el Comité de los Derechos del Niño de Naciones Unidas y las obligaciones del Estado Mexicano en el respeto, garantía y protección de Derechos de Niñas, Niños y Adolescentes, y por la misma que emita la Comisión de Seguimiento de las Recomendaciones del Comité de los Derechos del Niño de Naciones Unidas del Sistema Nacional de Protección Integral de Niñas, Niños y Adolescentes.
Su objetivo primordial será los trabajos que se deriven respecto al instrumento de política señalada que tendrá como mandato en el ámbito de su competencia de sus integrantes el revisar e implementar el instrumento de Política Nacional "25 al 25" en el Estado.
Su objetivo primordial será la coordinación y seguimiento de acciones ejecutadas por los Sistemas Municipales de Protección Integral de Niñas, Niños y Adolescentes a efecto de dar cumplimiento a lo mandatado por la Ley de Derechos de Niñas, Niños y Adolescentes del Estado de San Luis Potosí.